Die Bestände der Museen der Stadt Landshut gehen im Wesentlichen auf die städtischen Sammlungen und die Sammlungen des Historischen Vereins für Niederbayern zurück. Während der Verein bereits 1851 ein eigenes Vereinsmuseum unterhielt, erfolgte nach ersten Anläufen um die Wende des 20. Jahrhunderts schließlich 1935 die Eröffnung eines städtischen Museums in der Residenz, in das als Dauerleihgabe auch die Sammlungen des Historischen Vereins für Niederbayern eingingen.

Die gewachsenen Bestände dieser beiden Sammlungsträger umfassen archäologische Denkmäler von der Steinzeit bis ins späte Mittelalter, Zeugnisse der lokalen und regionalen Handwerksgeschichte und Volkskunde sowie Denkmäler zur Kunst- und Kulturgeschichte von Landshut und Niederbayern. Besondere Schwerpunkte setzen für die archäologische Abteilung etwa die Funde aus dem Römerkastell Abusina (Eining), im Bereich der Handwerksgeschichte die Erzeugnisse der Töpfer aus dem nahegelegenen Kröning und für die Kunst- und Kulturgeschichte aus dem Bereich der Skulptur der Bodenfund einer überlebensgroßen Fürstenstatue (Otto der Faule [?], 1346-1379), die Statuetten vom Hochaltar der Stadtparrkirche St. Martin (um 1424) oder Skulpturen aus der Werkstatt des Landshuter Bildhauers Christian Jorhan d.Ä. (1727-1804). Zeitlich liegt der Sammlungsschwerpunkt - neben den breit gefächerten Beständen der Archäologie - im 17. bis 19. Jahrhundert, eine Abteilung zur Kunst- und Kulturgeschichte des 20. Jahrhunderts befindet sich aktuell im Aufbau.

An umfangreicheren Neuerwerbungen, die sich dem Engagement der Landshuter Sparkasse, des Lions Clubs Landshut und des Freundeskreises Stadtmuseum Landshut e.V. verdanken, sind eine umfangreiche Sammlung zeitgenössischer Keramik des Münchner Sammlers Rudolf Strasser, die originalen Bilderbücher und Entwürfe der Künstlerin Marlene Reidel sowie das komplette Atelier samt Zeichnungen des Trickfilmers Jan Walter Habarta hervorzuheben. Laufend ergänzen Schenkungen, Stiftungen, Leihgaben und Nachlässe Landshuter Bürger wie bspw. die Familienstiftung Fahrmbacher die Bestände.

Eine konzentrierte Auswahl ausgewählter Sammlungsbereiche präsentiert in chronologischer Ordnung die ständige Ausstellung in der Stadtresidenz. Magaziniertes Sammlungsgut wird zur wissenschaftlichen Bearbeitung nach vorheriger Anmeldung vorgelegt.